Contraintes de germination et Diagnostic Moléculaire des Champignons associés aux Maladies chez Ricinodendron heudelotii au Cameroun

J. Djeugap Fovo, L. Bernier, D. Dostaler, D. Khasa, D. Rioux

Résumé


1. Objectif général
Contribuer à la réussite des programmes de domestication de Ricinodendron heudelotii au Cameroun à travers l'identification moléculaire des champignons pathogènes et la lutte contre les maladies des semences et des plantules qu'ils occasionnent.

2. Objectifs spécifiques (OS)
OS1 : Dresser un état des lieux des opportunités et des contraintes agroforestières de R. heudelotii au Cameroun ;
OS2 : Déterminer les contraintes de germination chez cette essence à produits forestiers non ligneux ;
OS3 : Isoler et identifier les champignons phytopathogènes associés à tous les organes malades chez R. heudelotii au Cameroun;
OS4 : Caractériser phénotypiquement les champignons présumés phytopathogènes fréquemment isolés chez R. heudelotii et constituer une banque de souches de champignons isolés chez R. heudelotii;
OS5 : Réussir l'infection artificielle des plantules saines et vérifier les Postulats de Koch ;
OS6 : Etudier la pathogénie de quelques espèces présumées pathogènes ayant été identifiées ;
OS7 : Lutter contre les maladies des semences et des plantules chez R. heudelotii.

3. Hypothèses (H)
H1 : L'absence des informations sur l'identité biologique des champignons pathogènes chez Ricinodendron heudelotii constitue une entrave majeure à la réussite de la domestication chez cette espèce.
H2 : Les fongicides oxyde de cuivre et mancozèbe constituent de bons candidats pour la lutte contre les maladies foliaires chez R. heudelotii.

4. Méthodologie
4.1 Zone d'étude
Trois zones agroécologiques (ZAE) (zone forestière à pluviométrie monomodale, zone forestière à pluviométrie bimodale et les Hauts Plateaux) ont été considérées. Deux localités ont été considérées par ZAE. Un total de 350 échantillons a été collecté à partir de tous les organes de la plante.
4.2 Détermination des contraintes de germination
L'effet de la scarification des semences sur leur germination ainsi que l'effet des pesticides sur la germination, l'infection des graines et le taux de plantules infectées ont été évalués. Il était également question de déterminer le délai entre le semis et la première levée, la durée moyenne de germination et l'effet de la durée de conservation sur la germination des graines chez R. heudelotii.
4.3 Extraction d'ADN, amplification, séquençage et identification
Les ADN ont été extraits en utilisant le protocole décrit dans le DNeasy Plant Mini Kit de la compagnie QIAGEN. Les séquences ITS des gènes des ADNr des champignons ont été amplifiés par les amorces universelles ITS4 (R) et ITS5 (F) dont la composition nucléotidique est la suivante: ITS4: TCCTCCGCTTATTGATATGC et ITS5: GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG. Le séquençage a été réalisé par la méthode Sanger à la Plate-forme d'Analyses Génomiques (PAG) de l'Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS) de l'Université Laval, sur des séquenceurs à 16 capillaires de type 3130 XL de la compagnie Life Technologies. Les séquences d'ADN ont été enfin comparées à celles de la banque Nucléotide collection (Nr/nt) du NCBI à l'aide de l'algorithme WU-BLAST (Washington University-Basic Local Alignment Search Tool) en vue de leur identification.
4.4 Postulats de Koch
Chaque champignon isolé a été inoculé individuellement sur les feuilles des plantules saines. Chacun des champignons devra être capable de reproduire les symptômes observés en milieu naturel et d'être de nouveau isolé des lésions occasionnées; il devra par ailleurs être constamment associé à tous les individus présentant les mêmes symptômes afin d'être considéré comme microorganisme responsable de la pathologie en cause.


Mots-clés


Identification moléculaire; champignons phytopathogènes; contraintes de germination; pathogénicité; postulats de Koch; maladies des plantules; lutte chimique; agroforesterie; Ricinodendron heudelotii; Cameroun

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